结论前置：当员工工资为5000元时，公司并不需要为这5000元工资直接缴纳税款，但需履行代扣代缴个人所得税的义务（如适用）。公司的税务负担与其经营所得相关，与员工工资水平不直接挂钩。

详细分析：

1. 个人所得税的代扣代缴：

   • 员工工资达到或超过个人所得税起征点（目前为每月5000元）时，超出部分需依法缴纳个人所得税。
   • 公司作为雇主，在发放工资时有义务代扣代缴员工的个人所得税，并将税款上缴至税务机关。
   • 如果员工工资未超过5000元，且没有其他需要计入综合所得的收入，则通常无需缴纳个人所得税。

2. 公司的税务责任：

   • 公司本身并不因发放工资而直接承担税负。工资作为企业的合理支出，在计算企业所得税时是可以全额税前扣除的。
   • 公司的税务负担主要来源于其经营所得，包括增值税、企业所得税等，这些税种的计算和缴纳与公司具体的经营状况、营业收入、成本等因素有关。

3. 特殊情况说明：

   • 如果员工有其他综合所得项目（如劳务报酬、稿酬等），且各项综合所得合并后超过了相应扣除标准，公司仍需履行代扣代缴个人所得税的义务。
   • 对于特定的税收优惠或政策，公司需根据具体情况进行申报和缴纳，但这与员工工资水平不直接相关。

综上所述，员工工资5000元时，公司无需为这5000元工资直接缴纳税款，但需关注个人所得税的代扣代缴义务。同时，公司的税务负担主要与其经营所得相关，应依法进行申报和缴纳。如有具体的税务问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。