员工个人所得税是由个人承担的，但通常由公司或支付所得的单位代为扣缴。以下是对这一问题的详细解答：
一、个人所得税的承担者
个人所得税的承担责任在于个人本身。根据《中华人民共和国个人所得税法》第八条的规定，个人所得税以所得人为纳税义务人，即员工个人应承担其薪资所得应缴纳的个人所得税。
二、代扣代缴机制
公司代扣：各类支付员工薪资或个人收益的企业或机构有义务代为扣除及缴纳该项税费。这意味着，在发放员工工资时，公司会直接从工资中扣除个人所得税部分。
申报与缴纳：公司扣除个人所得税后，需要在规定的期限内（通常是15个工作日内）将税款交至相关税务部门。税务部门核对无误后，会在次月15日前将税款上缴国库。
三、具体操作流程
扣除顺序：在支付员工薪资时，通常会先扣除包括社会保险及住房公积金在内的各种费用，然后再计算应缴纳的个人所得税。
税额计算：扣除五险一金后，如果员工的剩余薪资超过了5000元人民币（即个人所得税的起征点），则需要按照规定向税务机关缴纳个人所得税；反之，则无需缴纳。
税务凭据：代扣税款的义务方（即公司）在实施代扣代缴行为时，会向纳税人提供由税务部门统一印制的代扣代收税款凭据，并详细注明纳税人的各项基本信息。
四、特殊情况处理
自行申报：如果员工年度总收入超过了12万元人民币（含）且未能获得单位代为扣除及缴纳个人所得税的，需要在特定时间段内（通常是次年的三月一日至六月三十日内）前往当地税务部门办理个人自行申报的手续。
汇算清缴：对于居民个人取得的综合所得，如果需要办理汇算清缴的，也应在次年的三月一日至六月三十日内完成。
综上所述，员工个人所得税虽然由个人承担，但通常是由公司代为扣缴并申报的。这一机制既简化了税务处理流程，也确保了税款的及时缴纳。