对于有社保的员工申报个税的问题，其实社保的缴纳与个税的申报是两个相对独立但又有所关联的过程。首先，关于社保的缴纳，单位需要按照一定流程在电子税务局进行社保费的申报和缴纳，这包括社保费的参保登记、年度缴费工资申报（在特定时间内）、月度社保费申报缴费、查询缴费以及后续的申报明细查询、缴费记录开具等一系列步骤。
然而，关于个税的申报，它主要是基于员工的收入情况，包括工资、奖金、津贴、补贴等各项所得，并考虑社保、公积金等税前扣除项目后进行的。个税的申报通常是在每月或者每年度结束后，根据税务部门的规定，通过税务局的官方网站、个税APP或者其他指定的税务服务平台进行。
对于同时有社保的员工，个税申报时需要注意以下几点：
收入确认：在申报个税时，需要准确确认员工的各项收入，包括社保个人承担部分，这部分通常会在工资中扣除，并作为税前扣除项目在个税申报中体现。
税前扣除：在个税申报中，除了社保个人承担部分，还可以根据政策规定享受其他税前扣除项目，如子女教育、继续教育、大病医疗等专项附加扣除。
准确填写申报表：根据税务部门提供的个税申报表，准确填写员工的个人信息、收入情况、税前扣除项目以及应缴税额等信息。
及时提交申报：按照税务部门的规定时间，及时提交个税申报表，并缴纳应缴税额。
综上所述，虽然有社保的员工在个税申报时需要考虑社保的影响，但社保的缴纳和个税的申报是两个相对独立的过程。单位需要按照税务部门的规定，分别进行社保费的申报缴纳和个税的申报缴纳工作。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地税务部门或专业的税务顾问。