提前还款扣除违约金在一定条件下是合法的。其合法性主要取决于借款合同中的约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。这意味着，如果借款合同中明确规定了提前还款需要支付违约金，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么借款人在提前还款时就需要按照合同约定支付违约金。

2. 合同约定的有效性：

   • 借款合同是双方自愿达成的协议，只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，合同就是有效的。因此，如果借款合同中明确规定了提前还款违约金，且该条款合法有效，那么借款人提前还款时就需要支付违约金。

3. 提前还款违约金的合理性：

   • 从金融机构的角度来看，提前还款可能导致其资金安排被打乱，增加运营成本或造成利息损失。因此，收取一定的违约金作为补偿是合理的。
   • 在金融市场中，提前还款违约金也是一种常见的做法，许多金融机构都会在借款合同中规定此类条款，以保护自己的利益。

4. 特殊情况：

   • 如果借款合同是金融机构提供的格式合同，且其中关于提前还款违约金的条款属于加重对方责任、排除对方主要权利的格式条款，那么根据《民法典》的相关规定，这些条款可能是无效的。但在实际操作中，金融机构通常会通过合理的方式提示借款人注意这些条款，并确保借款人在签订合同时充分了解并接受这些条款。
   • 另外，不同的银行或金融机构对于提前还款的规定可能不同。有的银行会收取违约金，有的则不会；同时，是否收取违约金也可能与提前还贷的时间等方面有关。

综上所述，提前还款扣除违约金在一定条件下是合法的，主要取决于借款合同中的约定以及相关法律法规的规定。因此，在提前还款前，建议借款人仔细阅读借款合同中的相关条款，并咨询银行或金融机构的具体规定，以避免不必要的纠纷。