针对您提出的“机关单位卖废品怎么交税”的问题，首先我们需要明确，机关单位在处理废品销售时，同样需要遵循国家相关的税收法规和政策。以下是根据您提供的参考信息，结合一般税收规定，给出的详细解答：
一、税收政策的适用
再生资源税收优惠政策：
- 根据《财政部 税务总局关于完善资源综合利用增值税政策的公告》（财政部 税务总局公告2021年第40号），从事再生资源回收的增值税一般纳税人，销售其收购的再生资源时，可以选择适用简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税，或适用一般计税方法计算缴纳增值税。
机关单位的身份界定：
- 机关单位在销售废品时，如果其年应税销售额超过500万元，应办理一般纳税人资格登记，并按照上述公告要求选择计税方法。
- 如果机关单位的年应税销售额未达500万元，但已办理一般纳税人资格登记，同样可以按照公告要求选择计税方法。
二、计税方法的选择
简易计税方法：
- 适用条件：年应税销售额未达500万元或已办理一般纳税人资格登记的机关单位，在符合规定条件的情况下，可以选择适用简易计税方法。
- 税率：3%征收率。
- 一经选择，36个月内不得变更。
一般计税方法：
- 适用条件：不符合简易计税方法适用条件的机关单位，或选择不采用简易计税方法的机关单位。
- 税率：按照增值税一般计税方法计算缴纳，通常税率为13%。
三、税收申报与缴纳
申报流程：
- 机关单位在销售废品后，需要按照规定的纳税期限，向主管税务机关申报缴纳增值税。
- 申报时，应提交相关的纳税申报表、销售凭证、收购凭证等必要资料。
缴纳方式：
- 机关单位可以通过银行转账、电子税务局网上缴纳等方式，将应缴纳的税款及时缴纳至国库。
四、特殊规定与注意事项
反向开票：
- 根据国家税务总局公告2024年第5号，自2024年4月29日起，符合条件的资源回收企业可以向自然人报废产品出售者开具发票（即“反向开票”）。但此规定主要适用于资源回收企业，对于机关单位销售废品的情况，可能不完全适用。
免税规定：
- 个人（不含个体工商户）销售自己使用过的废旧物品免征增值税。但机关单位不属于个人，因此不能享受此免税政策。
合规性要求：
- 机关单位在销售废品时，应确保所有交易合规、合法，并妥善保管相关凭证和资料，以备税务机关查验。
综上所述，机关单位在销售废品时，需要根据其年应税销售额、计税方法选择以及税收申报与缴纳的规定，依法履行纳税义务。同时，也应注意遵守相关的合规性要求，确保税收管理的规范性和准确性。