批准全国性批发企业开办的部门通常是由国家级的行政管理部门进行，具体来说，这个职责主要由国家市场监督管理总局（或其前身国家工商行政管理总局）及其下属的地方工商行政管理部门承担。这些部门负责审核和批准企业设立、变更、注销等事项，包括全国性批发企业的开办申请。

在申请过程中，企业需要按照相关规定提交一系列材料，包括但不限于企业名称预先核准通知书、公司章程、股东身份证明、经营场所证明等。这些材料将用于审核企业的合法性、经营能力以及是否符合国家产业政策等要求。

此外，随着“放管服”改革的深入推进，国家市场监督管理总局等政府部门不断优化企业开办流程，提高审批效率，降低企业开办成本。例如，通过“一网通办”平台，企业可以实现在线提交申请、查询进度、领取营业执照等一站式服务，极大地提高了开办企业的便利性和效率。

因此，如果您有意申请开办全国性批发企业，建议首先咨询当地工商行政管理部门或国家市场监督管理总局的官方网站，了解具体的申请流程、所需材料以及相关政策规定。