机关单位出差时，12306的电子发票应该开给企业。以下是对这一结论的详细解释：

1. 发票开具对象：

   • 在公务出差的情境下，通常是由单位承担差旅费用。因此，发票的开具对象应当是承担这些费用的单位，即企业（在这里指的是机关单位）。

2. 财务报销与合规性：

   • 机关单位需要凭借合规的发票来进行财务报销。开具给企业的发票能够清晰地反映出差费用的来源和用途，有助于单位进行财务管理和审计。
   • 如果发票开具给个人，可能会引发财务合规性的问题，因为个人通常不是公务出差费用的承担者。

3. 税务处理：

   • 从税务的角度来看，开具给企业的发票可以作为单位的成本或费用进行税前扣除，有助于单位合理避税。
   • 而开具给个人的发票，在税务处理上可能会更加复杂，甚至可能不被认可为合法的税前扣除凭证。

综上所述，机关单位出差时，12306的电子发票应该开给企业，以确保财务报销的合规性、简化税务处理流程，并便于单位进行财务管理和审计。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。