新车第二年申请免检标志，确实需要车主本人进行操作。根据相关规定，免检车申领检验标志的业务是限车主本人办理的，且需在机动车检验有效期止前3个月内进行申请。这是为了确保车辆的安全和合规性，同时保障车主的权益。

免检并不意味着车辆无需任何检测，而是免去了上线检测的环节。对于注册登记10年以内的非营运小微型载客汽车（面包车除外）以及摩托车，自注册登记之日起的第2年、第4年、第8年，车主无需将车辆开到检测站进行上线检测，但仍需按规定周期申领检验标志。

申领检验标志可以通过“交管12123”APP进行在线办理。车主只需按照APP内的提示，填写相关信息并上传必要的资料，如交强险和车船税联网核查通过的相关证明等。提交成功后，车主可以通过网办进度查询业务办理进度。审核通过后，公安交管部门将通过“交管12123”APP等方式向车主推送检验标志电子凭证，该凭证与纸质检验合格标志具有同等效力。

需要注意的是，如果车辆存在发生过造成人员伤亡的交通事故、因非法改装被依法处罚、营运车辆变更为非营运的、车型为面包车以及自车辆出厂之日起超过4年未办理注册登记手续等情况，将不享受机动车免检政策，需按原规定上线检验。

此外，车主在申领检验合格标志前，还需确保已处理完涉及机动车的道路违法行为和交通事故。如果车辆逾期未申领检验合格标志或上线检测，将可能面临处罚。因此，车主们一定要及时关注“交管12123”APP的相关提醒，确保车辆合法上路。