新车第二年确实需要申请免检标志。这是根据现行的机动车年检政策规定的，对于非营运小微型载客汽车（面包车除外）以及摩托车，在注册登记后的第2年、第4年、第8年，需要申领免检车检验合格标志。这一政策旨在简化车辆年检流程，方便车主，但并不意味着这些车辆在这些年份完全不需要进行任何检验相关的手续。

申领免检标志的过程通常可以通过线上渠道进行，比如使用“交管12123”APP。在申领前，车主需要确认自己的车辆是否符合免检条件，这包括车辆类型、注册登记时间以及是否发生过伤人交通事故或存在非法改装等情形。如果车辆符合免检条件，车主就可以在机动车检验有效期止前3个月内通过线上渠道提交申请。

提交申请后，车主需要等待审核结果。如果审核通过，车主可以在线领取电子版的免检合格标志。如果审核不通过，车主可能需要按照相关规定到交管部门窗口进行进一步的处理。

此外，车主还可以通过关注“公安部交通管理局”官方公众号，使用其提供的“车检计算器”功能来查询自己的车辆是否需要检验以及何时需要申领免检标志。

总的来说，虽然新车在第二年不需要进行上线检验，但申领免检标志仍然是必要的步骤。车主需要按照相关规定和时间节点进行申领，以确保自己的车辆合法上路行驶。