挂靠运输公司承担用工主体赔偿后，有权向挂靠人追偿，挂靠公司在此情况下是承担一定责任的。具体分析如下：

在建设工程、交通运输等行业，挂靠经营模式较为常见。挂靠关系中，因挂靠方多为不具备相应资质的个人或组织，一旦其聘用人员发生工伤事故，被挂靠单位往往需承担工伤保险责任。根据相关法律法规及司法实践，被挂靠单位在承担工伤责任后，可以向实际的用工主体，即挂靠方进行追偿。

例如，在一起案例中，甲建设公司将承包的工程分包给不具备用工主体资格的自然人潘某，潘某招用的李某在工作中受伤并被认定为工伤。甲建设公司承担了工伤保险责任后，向法院起诉潘某要求偿还代为支付的工伤保险待遇，法院最终支持了甲建设公司的追偿请求，并根据双方当事人的行为与李某损害发生的因果关系、过错程度，确定了甲建设公司与潘某对李某的损害结果各承担一定比例的赔偿份额。

此外，在挂靠车辆发生交通事故的情境中，挂靠公司同样在承担连带责任后享有向挂靠人追偿的权利。这体现了法律对被挂靠公司善意行为的鼓励和肯定。

综上所述，挂靠运输公司在承担用工主体赔偿后，有权向挂靠人追偿。在具体案件中，法院会根据工伤事故或交通事故的损害结果、因果关系、过错程度等因素进行酌定赔偿比例，进而认定用工单位或挂靠公司的追偿数额。因此，挂靠公司在选择挂靠方时应谨慎审查其资质和信誉，以降低潜在的法律风险。如有进一步的法律问题，欢迎随时向我咨询。