收到工程款时写的借条，其处理方式主要取决于该借条的具体内容和双方的约定。一般来说，借条作为债权债务关系的凭证，应当妥善保管，并在债务清偿后作相应处理。以下是一些具体的建议：

1. 核对借条内容：

   • 首先，仔细核对借条上的各项内容，包括借款金额、借款日期、还款日期、利息约定、借款人及出借人的签名等，确保信息的准确无误。

2. 保留借条原件：

   • 借条原件是债权债务关系的重要证据，应当妥善保管，避免遗失或损坏。如果可能，建议将借条原件存放在安全、可靠的地方，如银行的保险箱或专业的文件存储机构。

3. 债务清偿后的处理：

   • 当工程款（即借款）已经按照借条的约定清偿完毕时，双方应当在借条上注明“债务已清偿”或类似的内容，并由双方签字确认。这样做可以明确债权债务关系已经消灭，避免未来产生不必要的纠纷。
   • 如果借条中约定了利息，那么在清偿本金的同时，也应当按照约定支付利息，并在借条上注明利息已支付的情况。

4. 借条的销毁或归档：

   • 在债务完全清偿后，如果双方同意，可以选择销毁借条原件，以彻底消除债权债务关系的证据。但需要注意的是，销毁借条前应当确保双方已经就债务清偿事宜达成一致，并且没有其他未解决的争议。
   • 如果选择保留借条，建议将其归档保存，以备未来可能需要的查询或证明之用。归档时应当按照一定的分类和顺序进行整理，以便于查找和管理。

5. 特殊情况的处理：

   • 如果借条中涉及复杂的债权债务关系，或者存在其他特殊的约定（如担保、抵押等），那么在处理借条时应当更加谨慎。在这种情况下，建议咨询专业的律师或法律顾问，以确保自己的权益得到充分保障。

总之，收到工程款时写的借条应当妥善保管，并在债务清偿后按照双方约定进行相应处理。如果有任何疑问或不确定的地方，建议及时咨询专业的律师或法律顾问。