针对您提出的“非法营运车辆第二次被查处怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

非法营运车辆第二次被查处时，将面临比首次更为严厉的处罚。根据相关法律法规，未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的，属于非法营运行为。对于第二次被查处的非法营运车辆，处理流程通常如下：

1. 责令停止经营：

   • 县级以上道路运输管理机构将责令非法营运者立即停止经营行为。

2. 没收违法所得：

   • 若非法营运者有违法所得，执法部门将没收其全部违法所得。

3. 罚款：

   • 罚款数额将依据非法营运者的违法所得来确定。
     • 若违法所得超过2万元，将处违法所得2倍以上10倍以下的罚款。
     • 若没有违法所得或违法所得不足2万元，将处3万元以上10万元以下的罚款。
   • 由于是第二次被查处，执法部门通常会按照接近上限或上限的标准进行处罚。

4. 车辆暂扣：

   • 在某些情况下，执法部门可能还会暂扣非法营运车辆，作为对严重违法行为的进一步制裁。

5. 法律责任：

   • 如果非法营运行为情节严重，构成犯罪，责任人还将面临刑事责任的追究。
   • 在运营过程中若发生交通事故，相关人员同样需要承担民事和刑事责任。

6. 申请复议或诉讼：

   • 如果非法营运者对处罚决定不服，可以在规定时间内向相关部门申请行政复议或提起行政诉讼。

综上所述，非法营运车辆第二次被查处时，将面临严厉的行政处罚，包括责令停止经营、没收违法所得、高额罚款、车辆暂扣以及可能的刑事责任追究。因此，建议所有从事道路运输的个人或企业务必遵守相关法律法规，取得合法的道路运输经营许可，以避免不必要的法律风险和损失。