民办非企业单位在会计准则上主要遵循的是《民间非营利组织会计制度》。以下是对这一问题的详细解答：
一、制度适用性与特征
《民间非营利组织会计制度》是专为在中华人民共和国境内依法设立的、符合特定非营利特征的民间组织设计的。这些组织包括但不限于社会团体、基金会、民办非企业单位，以及寺院、宫观、清真寺、教堂等。它们需满足以下核心特征：
如果民办非企业单位的业务活动实际上具有营利性质，或不符合上述非营利特征，那么它可能需要遵循《企业会计准则》或《小企业会计准则》等其他会计准则。
二、会计核算原则与要素
在会计核算方面，民间非营利组织需遵循一系列基本原则，如客观性、相关性、实质重于形式、一贯性、可比性、及时性、可理解性、配比性、历史成本、谨慎性以及划分费用性支出与资本性支出原则等。这些原则确保了会计信息的准确性和可靠性。
会计要素方面，民间非营利组织包括资产、负债、净资产、收入和费用。其中，收入主要来源于捐赠、会费、提供服务、政府补助、投资收益、商品销售等；费用则主要涵盖业务活动成本、管理费用、筹资费用等。
三、会计确认、计量、记录和报告
《民间非营利组织会计制度》对会计确认、计量、记录和报告进行了全面规范。它要求组织按照权责发生制原则进行会计处理，合理划分会计期间，并严格遵循配比原则来区分费用化和资本化支出。此外，该制度还明确了所有者权益的构成及其来源，确保了会计信息的完整性和透明度。
四、财务会计报告
民间非营利组织需要编制和对外提供真实、完整的财务会计报告。这些报告包括资产负债表、业务活动表和现金流量表三张基本报表，以及会计报表附注和财务情况说明书。这些报告全面反映了组织的财务状况、业务活动情况和现金流量等信息，有助于利益相关者了解组织的运营情况和财务状况。
五、制度意义与实施效果
《民间非营利组织会计制度》的实施为民办非企业单位提供了明确的会计准则和指导。它不仅提高了这些组织会计信息的质量和透明度，还增强了它们的公信力和社会责任感。同时，该制度也有助于政府部门和社会公众对民间非营利组织进行监督和管理，确保其资金使用的合法性和合规性。
综上所述，民办非企业单位在会计准则上主要遵循《民间非营利组织会计制度》，这一制度为其提供了全面的会计指导和规范。