撤销案件和不起诉在刑事诉讼程序中是两个不同的概念，它们的主要区别体现在以下几个方面：

1. 适用阶段不同：

   • 撤销案件主要适用于侦查阶段。当侦查机关在立案侦查过程中，发现案件具有某种法定情形，或者经过侦查否定了原来的立案根据时，会作出撤销案件的决定。
   • 不起诉则适用于审查起诉阶段。检察机关对公安机关侦查终结移送起诉的案件和自行侦查终结的案件进行审查后，如果认为犯罪嫌疑人的行为不符合起诉条件或没有必要起诉，会作出不起诉的决定。

2. 适用对象不同：

   • 撤销案件只能由有权立案的机关作出，通常包括公安机关和人民检察院（对于其自行侦查的案件）。
   • 不起诉决定则可以适用于检察机关自己立案侦查的案件，也可以适用于公安机关立案侦查后移送起诉的案件。

3. 使用的主体范围不同：

   • 撤销案件的决定可以由人民检察院或公安机关作出。
   • 不起诉的决定则只能由人民检察院作出。

4. 法律意义不完全相同：

   • 撤销案件具有明显的纠错性质，意味着案件在侦查阶段就因为某种原因而不再继续侦查，通常是因为案件本身不符合立案条件或证据不足。
   • 不起诉则具有不能追究、从宽处理和纠错的三种属性。它可能意味着犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪，或者虽然构成犯罪但情节轻微不需要追究刑事责任，或者证据不足无法起诉。

综上所述，撤销案件和不起诉在刑事诉讼程序中具有不同的适用阶段、适用对象、使用主体范围和法律意义。它们都是对刑事案件进行程序性处理的方式，但具体适用情况和法律后果有所不同。如果您在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。