当灵活就业人员达到法定退休年龄时，如果发现职工基本医疗保险的累计缴费年限没有满足规定（通常为25年），确实存在一些选项来处理这个问题。以下是根据您提供的信息以及一般规定，给出的详细解答：

一、一次性补足年限

• 如果您希望退休后能立即享受退休人员基本医疗保险待遇，可以选择一次性补足剩余的缴费年限。这意味着您需要一次性支付一笔费用来补齐剩余的医保年限。
• 一次性补缴的费用可能会根据剩余年限、当地医保政策以及您的个人情况而有所不同。因此，在进行一次性补缴前，建议咨询当地医保机构或相关部门，了解具体的费用标准和计算方式。

二、继续逐年缴费

• 如果您不想或不能一次性补足年限，还可以选择继续逐年缴纳医疗保险费。在这种情况下，您将继续享受在职人员的基本医疗保险待遇。
• 继续逐年缴费的好处是您可以根据自己的经济能力和实际情况来安排缴费，但需要注意的是，您需要承担每年的医保费用，直到累计缴费年限满足规定为止。

三、其他考虑因素

• 转为居民医保：对于无法补缴或继续缴费的灵活就业人员，还可以考虑将职工医保转为城乡居民基本医疗保险。虽然居民医保的待遇相对较低，但它可以为您提供基本的医疗保障，且不需要继续缴费。
• 提前规划：为了避免在退休年龄时面临医保缴费年限不足的问题，建议灵活就业人员在年轻时尽量连续缴纳医保费用或提前补缴。这样可以减少补缴的费用，并确保在退休年龄时能够顺利享受医保待遇。

综上所述，当灵活就业人员达到退休年龄时，如果发现医保缴费年限不足，可以根据个人情况和实际需求选择一次性补足年限、继续逐年缴费或转为居民医保等方式来处理。建议在进行选择前，咨询当地医保机构或相关部门，了解具体的政策规定和操作流程。