公司出租商铺时，需要缴纳的税费主要包括以下几种：

1. 增值税：

   • 如果公司是一般纳税人，并且出租的是2016年5月1日后取得的不动产，那么适用9%的税率。
   • 如果出租的是2016年4月30日前取得的不动产，公司可以选择简易计税方法，此时征收率为5%。
   • 需要注意的是，部分地区对于月租金收入有免税额度的规定，例如北京地区月租金收入不超过10万元可免征增值税。

2. 附加税费：

   • 包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加，这些税费均以实际缴纳的增值税税额为计税依据。
   • 具体税率根据纳税人所在地不同而有所差异，城市维护建设税税率分为7%（市区）、5%（县城、镇）和1%（非市区、县城或镇）；教育费附加率为3%，地方教育附加率通常为2%。

3. 房产税：

   • 公司出租商铺需要按租金收入的12%计算缴纳房产税。

4. 城镇土地使用税：

   • 根据商铺占地面积及该土地等级适用的单位税额计算，具体税额因地区而异，需参考当地税务部门的规定。

5. 印花税：

   • 公司需要按照租赁合同金额的千分之一贴花缴纳印花税。

6. 企业所得税：

   • 公司出租商铺取得的收入，在扣除相关成本和费用后，需要并入企业所得，按照25%的税率缴纳企业所得税。

此外，如果公司是将承租的商铺转租，那么转租行为免征房产税和城镇土地使用税，但其他税费仍需按规定缴纳。

请注意，实际税费政策可能因地区不同而有所差异，建议在进行商铺出租前，务必向当地税务部门详细咨询，以准确了解和履行纳税义务。同时，租赁合同中应明确约定税费承担方式，以避免后续产生不必要的纠纷。