没有结婚证分开三年了并不算已经离婚了。具体原因如下：

1. 不存在婚姻关系：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，婚姻关系的建立需要办理结婚登记。没有领取结婚证，即未办理结婚登记，那么在法律上就不存在婚姻关系。

2. 解除同居关系：

   • 既然没有婚姻关系，那么分开就只能算是解除同居关系，而不是离婚。同居期间可能涉及的财产分割、子女抚养等问题，需要参照《民法典》中关于同居关系的规定来处理。

3. 法律后果：

   • 双方若能就财产分割、子女抚养等问题协商一致，可以自行解决。
   • 若协商不成，可以向法院提起诉讼，由法院根据具体情况进行公平合理的裁判。

综上所述，没有结婚证分开三年并不构成法律上的离婚，而是解除同居关系。如有任何关于此问题的进一步疑问或需要处理相关事务，请直接向我咨询。