建筑工程施工总承包特级资质的企业是可以做防水工程的。但具体能否承接防水工程，还需考虑工程规模、企业实际施工能力、以及是否具备相应的专业技术和管理人员等因素。

首先，从资质等级来看，建筑工程施工总承包特级资质是建筑业企业资质中的最高等级，具有承接各类建筑工程的能力，包括但不限于防水工程。这种资质的企业通常拥有较强的施工技术和管理能力，能够胜任各种复杂和高级的建筑工程项目。

其次，防水工程作为建筑工程的一部分，其施工质量和效果直接影响到整个建筑的使用寿命和安全性。因此，具备建筑工程施工总承包特级资质的企业，在技术和人员上通常都具备进行防水工程施工的条件和能力。

然而，值得注意的是，虽然建筑工程施工总承包特级资质的企业可以承接防水工程，但在实际操作中仍需根据具体工程情况和企业自身实力进行评估和决策。如果工程规模较大或技术要求较高，企业可能需要进一步调配资源或寻求专业合作以确保工程质量和进度。

综上所述，建筑工程施工总承包特级资质的企业可以做防水工程，但在具体承接时还需综合考虑多种因素。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。