当您单位的进项发票被认定为虚开时，这是一个需要谨慎处理的问题。以下是我为您提供的详细、有深度的解答步骤：
一、初步应对与心态调整
- 保持冷静：首先，不必过于惊慌。虚开发票的问题虽然严重，但只要积极应对，通常可以找到合理的解决方案。
- 内部自查：立即组织相关人员对涉及的发票和业务进行自查，了解虚开的原因和具体情况。
二、税务层面的处理
- 积极配合调查：当税务机关展开调查时，您单位应积极配合，提供所需的所有资料和信息。
- 证明善意取得：如果单位是善意取得虚开的进项发票，即并不知晓发票为虚开，应尽力提供证据来证明这一点。
- 重新获取合法发票：如果可能，尽快重新获取合法有效的发票来替换虚开的发票，以便能够继续抵扣进项税款。
- 接受税务处理：如果无法重新获取合法发票，您单位可能需要接受税务机关不准抵扣进项税款或追缴已抵扣税款的决定。
三、法律责任与后果
行政责任：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》，税务机关可能会没收违法所得，并处以罚款。
- 虚开金额在1万元以下的，可能并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，可能并处5万元以上50万元以下的罚款。
刑事责任：
- 如果单位恶意接受虚开的进项发票以达到偷逃税款等违法目的，可能会触犯《中华人民共和国刑法》中关于虚开增值税专用发票罪的相关条款。
- 虚开的税款数额较大或有其他严重情节的，可能处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
- 虚开的税款数额巨大或有其他特别严重情节的，可能处十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。
四、后续经营注意事项
- 加强内部控制：完善发票管理制度，加强对发票的审核和监管，防止类似问题再次发生。
- 关注税务信誉：虚开发票会严重影响单位的税务信誉，后续在发票申领额度等方面可能会受到限制。因此，应努力恢复和保持良好的税务信誉。
- 持续学习与培训：加强对财务和税务人员的培训和教育，提高他们的法律意识和业务水平。
总之，当单位的进项发票被认定为虚开时，应积极配合税务机关的调查和处理，同时加强内部控制和风险防范措施，以避免类似问题的再次发生。