根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工作日加班工资的计算方式如下：

首先，需要确定加班工资基数。这个基数通常是劳动者所在岗位相对应的正常出勤月工资，不包括年终奖、上下班交通补贴、工作餐补贴、住房补贴、中夜班津贴、夏季高温津贴、加班工资等特殊情况下支付的工资。如果劳动合同对劳动者月工资有明确约定的，就按劳动合同约定的劳动者所在岗位相对应的月工资确定；如果实际履行与劳动合同约定不一致的，则按实际履行的劳动者所在岗位相对应的月工资确定。

然后，根据《劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。具体的计算公式为：

加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 150% × 加班小时数

也可以简化为：

加班工资 = 小时工资 × 1.5 × 加班小时数

其中，21.75是月计薪天数，由（365天-104天休息日）÷12个月得出；8是每日法定工作时间；加班小时数则是超出正常8小时工作时间之外的加班时长。

举个例子，如果劳动者的月工资为5000元，某工作日加班3小时，那么他的加班费计算如下：

加班费 = 5000 ÷ 21.75 ÷ 8 × 3 × 150% ≈ 161.64元

因此，该劳动者该工作日加班3小时的加班费约为161.64元。

总的来说，劳动者在与用人单位就加班问题进行协商时，应明确加班工资的计算方式和基数，并了解自己的权益和义务，以确保自身合法权益得到有效保障。如果用人单位未按规定支付加班费，劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。