港澳通行证有效期不足6个月是可以签注的。根据相关规定，往来港澳通行证有效期不足6个月，或者短于拟申请签注有效期的，属于确需换发、补发往来港澳通行证的情形，可以申请签注。

在申请签注时，您需要满足一定的条件，并准备相应的申请材料。具体包括：

1. 填写《中国公民出入境证件申请表》；
2. 提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人照片；
3. 交验申请人居民身份证原件（申请人未满16周岁，也可交验居民户口簿；军人应交验军人身份证明），并留存复印件或者电子扫描图片；
4. 按规定提交或者核验指纹信息。

您可以将申请材料提交至受理机构，如果申请材料齐全且符合法定形式，受理机构将向您出具《受理申请回执单》。之后，审批机构会进行审核，作出批准或者不予批准的决定。如果批准，您将能够领取到新的往来港澳通行证及签注。

需要注意的是，往来港澳通行证的有效期分为5年和10年两种，具体有效期根据您的申请年龄而定。在申请签注时，请确保您的通行证仍在有效期内，或者及时办理换发、补发手续。