企业代扣代缴手续费需要缴纳增值税。

具体来说，根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)中的《销售服务、无形资产、不动产注释》规定，经纪代理服务包括各类经纪、中介、代理服务，企业代扣代缴个人所得税取得的手续费属于其中的经纪代理服务，因此应纳入增值税的征税范围，按照“现代服务—其他现代服务”或“商务辅助服务-经纪代理服务”缴纳增值税。一般纳税人的税率为6%，小规模纳税人则根据季度销售额的不同情况，将手续费收入填写在增值税申报表的相应栏次。

此外，这部分收入通常不会开具发票，所以在申报纳税时要将其作为未开票收入进行申报。例如，一般纳税人企业收到个税手续费返还后，需将手续费收入填写在增值税纳税申报表附列资料的相关栏次中，销售额为价税分离后的不含税销售额。

综上所述，企业在代扣代缴个人所得税并取得手续费收入时，应注意按照相关规定申报并缴纳增值税，以避免因税务问题带来的不必要的风险。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。