当您发现农村土地被别人占用建房时，可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：
一、初步协商与证据收集
与侵占方协商：
- 首先，尝试与侵占方进行友好协商，明确表达您的立场和要求，即要求其停止侵权行为并恢复耕地原状。
- 记录协商过程，包括时间、地点、参与人员及协商结果，以备后续使用。
收集证据：
- 整理并收集能证明土地归属权的文件，如土地使用证、土地承包经营权证等。
- 拍摄现场照片或视频，记录侵占情况及侵占范围。
- 如有目击者或相关证人，收集其证言以支持您的诉求。
二、向相关部门投诉或举报
向农业农村等行政主管部门投诉：
- 若协商无果，可向乡镇人民政府或县级以上人民政府的农业农村、自然资源等行政主管部门进行投诉。
- 详细陈述事情经过和诉求，配合行政部门的调查和处理工作。
向当地自然资源部门反映：
- 依据《土地管理法》，自然资源部门有权对违法占地行为进行查处。
- 向该部门提供侵占证据，请求其责令侵占方停止违法行为并限期拆除违法建筑。
三、法律途径维权
申请行政复议或提起行政诉讼：
- 若对行政部门的处理决定不满意，可在收到处理决定的六十日内向上一级机关申请复议，或在六个月内向人民法院提起诉讼。
- 准备充分的证据材料，包括土地承包经营权证、现场照片、录像等，以证明您对土地的合法权益。
提起民事诉讼要求赔偿：
- 若因耕地被占用导致经济损失，可收集相关证据通过民事诉讼要求侵权人承担赔偿责任。
- 赔偿内容可能包括土地恢复原状的费用、农作物损失、预期收益受损等。
四、后续关注与预防措施
关注处理结果：
- 跟进投诉或举报的处理进度，确保问题得到有效解决。
- 若侵占行为停止，关注已建成违规建筑的处置方式，确保土地恢复原状。
采取预防措施：
- 加强土地管理，定期巡查土地使用情况，防止类似侵占行为再次发生。
- 完善土地权属证明文件，确保产权明晰，减少纠纷发生的可能性。
综上所述，面对农村土地被别人占用建房的情况，您应首先尝试与侵占方协商解决问题，并收集相关证据以备后续使用。若协商无果，可向相关部门投诉或举报，并考虑通过法律途径维权。在整个过程中，请保持冷静和理性，确保自己的合法权益得到有效维护。