如果对方不配合做亲子鉴定，处理方式需根据具体法律场景而定。以下是我根据不同情况给出的详细解答：

1. 民事诉讼中涉及亲子关系确认或否认：

   • 法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条，若一方已提供必要证据予以证明亲子关系的存在或不存在，而另一方无相反证据且拒绝做亲子鉴定，人民法院可以认定起诉方的主张成立。
   • 处理方式：首先，尽可能收集能证明亲子关系存在或不存在的证据，如分居证明、证人证言等。然后，向法院提出亲子鉴定申请，由法院根据案件具体情况要求另一方配合。若对方拒绝配合，法院将结合其他证据和事实情况，依法作出对拒绝方不利的推定。

2. 涉及刑事案件中的亲子关系鉴定：

   • 在某些刑事案件中，如为确定儿童身份及亲子关系，司法机关可依职权强制要求进行亲子鉴定。
   • 若相关人员拒绝配合司法机关的强制鉴定要求，可能被视为妨碍司法程序，并依据情节轻重受到相应的法律处罚。

3. 其他应对策略与建议：

   • 深入沟通：尝试与对方进行深入沟通，解释亲子鉴定的重要性和必要性，消除对方的疑虑和误解。
   • 收集其他证据：积极寻找并收集医疗记录、出生证明、证人证言等其他类型的证据，以在一定程度上替代亲子鉴定的作用。
   • 通过法律途径解决争议：若所有方法均无法解决问题，可考虑向法院起诉，由法院根据证据和法律规定来裁决。

综上所述，如果对方不配合做亲子鉴定，你可以根据具体情况选择不同的处理方式。在民事诉讼中，可以通过收集证据和向法院申请亲子鉴定来解决问题；在刑事案件中，司法机关有权强制进行亲子鉴定；在其他情况下，可以通过深入沟通、收集其他证据或通过法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。