如果男方不配合做亲子鉴定，这确实是一个比较棘手的问题，但我们可以根据不同的法律场景和实际情况，采取一些合法且有效的策略来应对。

一、尝试沟通与协商

首先，我建议尝试与男方进行深入的沟通，解释亲子鉴定的重要性和必要性。你可以明确告知他，亲子鉴定不仅关乎孩子的身份确认，还直接影响到抚养权、继承权等关键问题的解决。通过心平气和的交流，或许能消除他的疑虑和误解，从而愿意配合进行亲子鉴定。

如果直接沟通效果不佳，你还可以考虑借助第三方调解的力量。比如邀请双方都信任的亲朋好友、社区工作人员或专业调解机构介入，他们可能能从更中立的角度出发，帮助化解矛盾，促使男方同意进行亲子鉴定。

二、民事诉讼中的应对策略

如果沟通协商无果，且亲子关系问题涉及到抚养纠纷、财产分割等民事案件，你可以考虑向法院提起诉讼，并在诉讼过程中向法院提出亲子鉴定的申请。

法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条规定，如果一方起诉请求否认或确认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，而另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定起诉方的主张成立。

操作流程：

1. 收集证据：尽可能收集能证明亲子关系存在或不存在的证据，如出生证明、生活照片、证人证言等。
2. 提起诉讼：向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据材料，提起民事诉讼。
3. 申请鉴定：在诉讼过程中，向法院明确提出亲子鉴定的申请，并说明理由和依据。
4. 等待判决：如果男方仍然拒绝配合，法院将根据具体情况作出相应的判决。

三、刑事报案（如涉嫌违法犯罪）

如果男方拒绝配合亲子鉴定的行为涉嫌违法犯罪，如拐卖儿童、遗弃罪等，你可以向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。

法律依据：《中华人民共和国刑法》等相关法律规定了拐卖儿童、遗弃等犯罪行为的构成要件和刑罚。公安机关在调查过程中，有权要求相关人员配合进行亲子鉴定等调查取证工作。

操作流程：

1. 收集证据：收集与案件有关的线索和证据，如男方的身份信息、作案时间、地点等。
2. 及时报案：向当地公安机关报案，如实陈述案件事实和提供相关证据。
3. 配合调查：配合公安机关的调查工作，按照公安机关的要求进行亲子鉴定等操作。

四、其他建议

1. 寻求法律援助：在整个过程中，如果你感到困惑或无助，可以咨询专业律师，了解相关法律规定和程序，探讨是否有可能通过法律途径强制要求男方进行亲子鉴定，或在必要时寻求其他法律救济措施。
2. 保持冷静与理性：无论遇到什么情况，都要保持冷静和理性，避免情绪化的行为影响问题的解决。

综上所述，处理男方不配合做亲子鉴定的问题时，应综合考虑不同法律场景下的应对策略与法律规定，同时灵活运用沟通、法律援助、收集证据及法律途径解决争议等方法，以有效维护自身及孩子的合法权益。