公司申请个人所得税退税的流程，可以根据以下步骤进行：

首先，要明确退税的适用情形。当个人在年度汇算中，预缴的税款超过了全年应纳税额时，就可以申请退税。这通常发生在有多处收入、专项附加扣除未充分扣除、或者年终奖计税方式选择不当等情况下。

接下来，是具体的退税操作流程：

1. 进入申报页面：

   • 登录自然人电子税务局或者相关税务APP，找到年度汇算的入口。

2. 核对基本信息：

   • 在申报页面中，仔细核对个人基础信息、汇算地等，确保无误后点击“下一步”。如果有两处及以上任职受雇单位，可以选择向其中一处申报。

3. 选择年终奖计税方式：

   • 如果系统提示存在奖金，需要在详情中进行确认，并选择年终奖的计税方式。可以选择将奖金全部并入综合所得计税，或者选择单独计税。系统会自动计算出两种方式的税额，选择更划算的一种。

4. 核对收入和税前扣除信息：

   • 仔细核对收入明细、专项附加扣除、其他扣除等信息，确保没有遗漏或错误。如果发现有误，可以及时调整。

5. 查看应退税额：

   • 系统会自动进行税款计算，并显示应退税额或应补税额。确认无误后，点击“下一步”。

6. 申请退税：

   • 如果汇算结果为退税，可以点击“申请退税”按钮。选择已绑定的银行卡或添加新的银行卡信息，然后点击“提交”。

7. 等待审核：

   • 提交退税申请后，需要等待税务机关的审核。审核通过后，退税款将直接退到指定的银行账户。

另外，关于退税的时间安排，通常税务机关会规定一个年度汇算的时间范围，如3月1日至6月30日。在这个时间范围内，纳税人可以随时进行申报和退税。但为了避免网络拥堵，建议合理安排时间进行申报。

最后，需要注意的是，退税过程中可能会遇到一些问题或需要进一步的咨询。这时，可以联系税务机关的客服或咨询窗口，获取专业的帮助和指导。同时，也要确保提供的所有信息都是真实、准确的，以避免因信息错误而导致的退税失败或延误。