当发现发票开错且已经扣税时，您需要根据发票的类型和发现错误的时间点来采取不同的处理措施。以下是一些详细的指导步骤：
一、立即沟通与报告
通知购货方：
- 尽快与购货方或接受劳务方取得联系，说明发票开具错误的情况，并协商退回错误发票以便重新开具正确发票的可行性。
报告税务机关：
- 同时，您应向主管税务机关报告发票开具错误的具体情况，包括错误原因、涉及金额以及已采取的措施等。报告的具体方式和所需材料可能因地区而异，建议提前咨询当地税务局了解详细流程和要求。
二、根据不同发票类型处理
增值税专用发票：
- 当月发现开错：
- 如果发票联和抵扣联尚未交付给购买方，或者购买方虽已取得但尚未用于申报抵扣并将两联退回，您可以直接在税控系统中作废该发票，并重新开具正确的发票。作废的发票所缴纳的税款会在当月应纳税额中抵减。
- 跨月发现开错：
- 如果购买方已将发票用于申报抵扣，购买方需要填开《开具红字增值税专用发票信息表》（以下简称《信息表》），并暂依《信息表》所列税额从当期进项税额中转出。待取得您开具的红字发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。
- 您作为销售方，需要凭校验通过的《信息表》开具红字专用发票，并与《信息表》一一对应。开具红字发票后，已缴纳的税款可抵减当期应纳税额；如果有多缴税款且符合条件，可以申请退税。
增值税普通发票：
- 当月发现开错：处理方式与增值税专用发票类似，您可以直接在税控系统中作废并重新开具正确的发票，已缴纳税款在当月应纳税额中抵减。
- 跨月发现开错：您需要开具红字增值税普通发票，并在次月申报期内将冲减销售额和销项税额的数据填入申报表相应栏次。之后再开具正确的蓝字增值税普通发票。已缴纳的税款抵减当期应纳税额，多缴税款符合条件可申请退税。
其他发票（如机动车销售统一发票等）：
- 对于这类发票，如果开错且已扣税，处理原则也是先开具红字发票冲减原错误发票的销售额和税额，再重新开具正确发票。具体操作需遵循相关税收法规和当地税务机关的要求。
三、后续跟进与风险管理
关注税务机关反馈：
- 密切关注税务机关对您报告事项的反馈和处理结果，按要求及时办理补税、缴纳滞纳金或其他相关费用。
账务处理合规性：
- 确保您的账务处理符合税收法规要求，避免因处理不当而产生税务风险。
内部管理与培训：
- 深入分析发票开具错误的原因，加强内部管理和培训，完善发票管理制度，提高员工专业素养和操作技能，以降低未来出现类似问题的风险。
综上所述，处理发票开错且已扣税的情况需要根据具体情况采取不同的措施，并及时与购货方和税务机关沟通协作，确保处理过程合规、高效。希望这些建议能对您有所帮助。