在老师和学生之间存在事实合同关系的情况下，如果学生单方面不来，老师一般不能直接扣除违约金，除非双方有明确的约定。以下是对此问题的详细分析：

1. 事实合同关系的认定：

   • 事实合同关系是指当事人之间虽然未签订书面合同，但通过行为或口头约定等形成了实际的合同关系。
   • 在老师和学生之间，如果双方通过口头或其他方式达成了教学服务的约定，并实际履行了一部分，那么可以认定存在事实合同关系。

2. 违约金的扣除条件：

   • 违约金是合同双方为了保障合同履行而约定的一种惩罚性措施。
   • 在事实合同关系中，如果双方没有明确约定违约金，那么老师就不能单方面扣除违约金。
   • 即使双方有约定，也需要考虑该约定是否合法、合理，以及学生单方面不来的原因是否构成违约。

3. 学生单方面不来的法律后果：

   • 如果学生单方面不来，且没有正当理由，那么老师可以要求学生承担相应的违约责任，但这并不意味着可以直接扣除违约金。
   • 老师可以通过与学生协商、寻求法律援助或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。

4. 建议与措施：

   • 为了避免类似的纠纷，建议老师和学生在建立合同关系时，尽量签订书面合同，并明确约定双方的权利和义务。
   • 在合同中，可以约定违约金条款，以明确双方在违约时的责任承担方式。
   • 如果发生纠纷，双方应首先通过协商解决；协商不成时，可以寻求法律援助或提起诉讼。

综上所述，在老师和学生之间存在事实合同关系的情况下，如果学生单方面不来，老师不能直接扣除违约金，除非双方有明确的约定。在处理此类纠纷时，应充分考虑双方的实际情况和合同约定，并依法维护双方的合法权益。