即使行贿双方都承认，相关部门仍然可能会查流水。以下是详细的分析：

1. 法律程序的要求：

   • 在刑事案件中，尤其是涉及行贿的案件，证据的收集是非常重要的。即使行贿双方都承认了行贿行为，司法机关仍然需要按照法律程序，全面、客观地收集证据，以确保案件的公正处理。
   • 查流水是收集证据的重要手段之一，可以帮助司法机关了解行贿款项的来源、去向以及双方的交易情况，从而进一步证实行贿行为的存在和严重程度。

2. 防止翻供或虚假陈述：

   • 虽然行贿双方都承认了行贿行为，但在后续的诉讼过程中，可能会出现翻供或虚假陈述的情况。查流水可以提供客观的证据，防止这种情况的发生，确保案件的稳定性和公正性。

3. 全面调查案件事实：

   • 司法机关在办理案件时，需要全面调查案件事实，包括行贿的具体金额、时间、地点、方式等。查流水可以帮助司法机关更准确地了解这些事实，为案件的审理提供有力的证据支持。

综上所述，即使行贿双方都承认行贿行为，相关部门仍然可能会查流水，以确保案件的公正处理、防止翻供或虚假陈述以及全面调查案件事实。如果你或你身边的人涉及此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解法律程序和应对策略。