关于高校工程审计费用由谁承担的问题，以下是我的详细解答：

结论：高校工程审计费用的承担主体需根据具体情况来确定，主要依据合同约定、项目性质以及相关法律法规。

1. 合同约定优先：

   • 若高校作为工程建设方，与施工方在合同中明确约定了审计费用的承担方，则按照合同约定执行。例如，合同约定由施工方承担审计费用，那么施工方就需履行支付义务。

2. 项目性质考量：

   • 若高校工程是政府投资项目，通常会有专门的财政资金用于支付审计费用，从政府的财政预算中列支。这是因为政府投资项目需要接受财政监管和审计，确保资金使用合规、有效。
   • 若为非政府投资项目，且合同未约定审计费用承担方时，一般遵循“谁主张，谁负担”的原则，或者根据公平合理原则，由建设单位（高校）或施工单位根据具体情况分担。

3. 法律法规依据：

   • 在处理工程审计费用承担问题时，还需考虑相关法律法规的规定。例如，某些地区可能有专门的法规或行业标准来规定审计费用的承担方式。

4. 特殊情况处理：

   • 如果是由于施工单位的原因导致需要额外审计，比如施工单位提供的资料不真实、不完整等，那么审计费用可能由施工单位承担。

综上所述，高校工程审计费用的承担主体并非一成不变，而是需要根据合同约定、项目性质、相关法律法规以及具体情况来综合判断。如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。