在交通局办理行政执法案件中，当车主和驾驶员不是同一人时，判定违法行为人主要依据以下原则：
结论前置：判定违法行为人应依据实际违法行为的发生情况，主要考虑驾驶员的行为，而非单纯依据车辆所有权归属。
详细分析：
违法行为主体原则：
- 交通违法行为，如超速、闯红灯、酒驾等，是由驾驶员在驾驶过程中实施的，因此，违法行为人应当是实施该行为的驾驶员。
- 车主虽然对车辆有所有权，但并不直接参与驾驶行为，因此，除非车主有指使、教唆等共同违法行为，否则不应将车主认定为违法行为人。
证据收集与审查：
- 交通局在办理案件时，会收集相关证据，如监控录像、行车记录仪记录、现场勘查笔录等，以证明违法行为的实施者。
- 通过这些证据，可以清晰地识别出实施违法行为的驾驶员，从而确定违法行为人。
特殊情况处理：
- 如果车主与驾驶员之间存在雇佣关系，且违法行为是在执行工作任务过程中发生的，那么车主可能需要承担一定的责任，但这并不影响对驾驶员作为违法行为人的认定。
- 如果车主明知驾驶员存在违法行为而故意提供车辆或指使其实施违法行为，那么车主也可能被视为共同违法行为人。
综上所述，在交通局办理行政执法案件中，当车主和驾驶员不是同一人时，应依据实际违法行为的发生情况，通过证据收集与审查，确定实施违法行为的驾驶员为违法行为人。车主除非有共同违法行为或特定责任，否则不应被认定为违法行为人。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。