针对员工帮老板做伪证说跟别人有不正当关系这一行为，首先明确的是，做伪证是违法的，且会对相关人员的名誉和权益造成严重损害。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律后果：

   • 做伪证可能构成伪证罪，尤其是在司法程序中，如果提供虚假证言，将可能面临刑事责任。
   • 即使不在司法程序中，伪证行为也可能导致民事侵权，如名誉权侵权，需要承担相应的民事赔偿责任。

2. 对员工的处理：

   • 员工应意识到做伪证的严重性，并主动向相关部门或人员说明真相，以减轻或免除可能的法律责任。
   • 如果员工已被要求做伪证，应坚决拒绝，并可以向公司内部的法务部门或外部律师寻求帮助。

3. 对老板的处理：

   • 老板指使员工做伪证，同样可能面临法律责任，包括刑事责任和民事赔偿责任。
   • 老板应尊重法律和道德，不得要求或诱导员工做伪证。

4. 公司层面的处理：

   • 公司应建立严格的内部管理制度，明确禁止任何形式的伪证行为。
   • 对于发现的伪证行为，公司应及时调查处理，并视情节轻重给予相应的纪律处分，直至解除劳动合同。

5. 保护自身权益：

   • 如果你是被指控有不正当关系的一方，应积极收集证据，证明自己的清白。
   • 如果你是知情人或受害者，可以向相关部门举报伪证行为，以维护自己的合法权益。

综上所述，做伪证是违法的，且后果严重。无论是员工还是老板，都应遵守法律和道德，不得参与任何形式的伪证行为。如果遇到相关问题，应及时咨询律师，以获取专业的法律帮助。