欠条上写可以由工资抵扣，这样的约定在特定条件下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律背景：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按时足额支付。
   • 欠条作为债权债务的凭证，其内容应当明确、合法，且不得违反法律法规的强制性规定。

2. 约定有效性分析：

   • 双方合意：如果欠条上的抵扣约定是双方自愿、平等协商的结果，且内容明确、无歧义，那么该约定通常会被认为是有效的。
   • 不违反法律规定：抵扣约定不得违反劳动法关于工资支付、最低工资标准等强制性规定。例如，抵扣后的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 合法债务：欠条所代表的债务应当是合法的，不得是赌债、高利贷等非法债务。

3. 实际操作注意事项：

   • 书面证据：为了确保约定的有效性，建议双方将抵扣约定以书面形式明确下来，并作为欠条的补充条款或单独签订协议。
   • 财务记录：用人单位应当做好财务记录，确保抵扣过程清晰、透明，避免引发不必要的争议。
   • 及时沟通：如果双方对抵扣约定产生争议，应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。

4. 特殊情况处理：

   • 如果欠条上的抵扣约定涉及劳动者的重要权益，如生活费、医疗费等，且抵扣可能导致劳动者生活困难或无法维持基本生活，那么该约定可能会被认定为无效或部分无效。
   • 如果用人单位以抵扣工资为由，恶意拖欠或克扣劳动者工资，那么劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

综上所述，欠条上写可以由工资抵扣的约定，在双方自愿、合法且不违反法律规定的前提下，通常是有效的。但具体操作时需注意相关法律规定和实际操作细节，以确保约定的合法性和有效性。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师或劳动法律机构。