关于“在公司打架，公司罚款负激励1000元是否合法”的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：

一、公司规章制度的合法性

首先，公司是否有权对员工进行罚款，这主要取决于公司是否有明确的规章制度，并且该规章制度是否经过合法程序制定。合法程序通常包括经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并且已经向全体员工公示。如果公司的规章制度中明确规定了打架行为将受到罚款一千元的处罚，并且这一规定是通过上述合法程序制定的，那么公司在这一层面上是有权进行罚款的。

二、罚款目的的合理性

其次，罚款的目的也是判断其合法性的重要因素。罚款应当是为了维护公司的正常秩序、管理以及保护其他员工的权益，而不是以罚款为手段进行牟利或单纯惩罚员工。如果公司罚款的目的只是为了惩罚员工，而与其维护公司秩序和管理无关，那么这种罚款行为可能会被视为不合法。

三、罚款数额的合理性

再者，罚款数额的合理性也是判断其合法性的关键。一千元的罚款对于一般的打架行为来说可能过高，尤其是当员工的月工资较低时。一般来说，罚款金额不应超过员工月工资的20%。如果罚款数额明显超出这一比例，可能会被视为不合理，从而影响其合法性。

四、法律后果与实际情况

最后，还需要考虑打架行为的实际后果。如果打架行为导致了严重的后果，如人身伤害或财产损失，公司可能需要根据实际情况要求员工承担相应的赔偿责任。但这种情况下，单纯的罚款可能不是最合适的处理方式，而应该结合其他法律手段来维护公司的权益。

综上所述，公司对打架行为进行罚款一千元是否合法，需要综合考虑公司规章制度的合法性、罚款目的的合理性、罚款数额的合理性以及打架行为的实际后果等多个因素。如果公司在这些方面都符合法律法规的要求，那么其罚款行为在一定程度上是合法的。但如果存在任何不合法的因素，员工都有权向相关部门投诉或寻求法律援助。