公司通过微信发工资，在符合一定条件下是合法的，但需谨慎操作以规避潜在风险。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。微信支付作为一种电子支付方式，其背后结算的仍然是人民币，因此从支付介质上来说，通过微信发工资并不违反以法定货币支付工资的要求。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》及国内各省市地区发布的工资条例规定，用人单位应按时足额给员工发放工资，但并未明确规定具体支付方式。因此，若双方达成协议，且支付过程安全可追溯，微信发工资可视为合法。
双方约定：
- 劳动合同中如明确约定可通过微信转账发放工资，则该行为合法。建议劳动合同中详细列明工资支付方式及相关细节，如支付时间、支付账户等，以确保双方权益得到保障。
潜在问题与注意事项
举证困难与证据留存：
- 微信转账记录虽然可以作为支付工资的凭证，但其法律效力相对较弱，尤其在劳动争议中可能难以证明该笔转账是工资及其具体构成、支付周期等关键信息。
- 建议：用人单位应保存完整的微信转账记录，并在转账时明确备注“工资”及对应月份等信息。同时，考虑与银行转账记录相结合，以增强证据的法律效力。劳动者也应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，以备不时之需。
税务合规风险：
- 微信支付可能未完全纳入税务系统监管，存在隐瞒真实工资收入、少缴税款的嫌疑。
- 建议：用人单位需确保按照税法规定代扣代缴个人所得税，并及时向税务机关报送相关纳税资料。无论通过何种方式发放工资，都应如实申报并缴纳税款，避免逃税嫌疑。
社保缴纳问题：
- 社保缴费基数通常根据员工工资收入确定。微信支付可能导致工资收入数据不透明，从而降低社保缴费基数，损害员工社保权益。
- 建议：用人单位应确保所有工资收入都透明化，并依法为员工缴纳社保费用，保障员工的社保权益。
资金安全问题：
- 微信支付存在一定的资金安全风险，如账户被盗用、密码泄露等可能导致资金损失。
- 建议：用人单位应加强微信账户的安全管理，定期更换密码，绑定安全手机等，确保资金安全。同时，考虑使用更安全的支付方式，如银行转账，以降低资金安全风险。
管理效率问题：
- 使用微信支付工资可能增加用人单位的管理成本和工作量，如手动记录转账信息、核对账目等。
- 建议：用人单位应考虑使用更高效的支付方式，如银行转账，以实现批量处理和自动化管理，提高管理效率。
合法合规性建议
- 明确合同约定：在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间等关键条款，以确保双方权益得到保障。
- 选择对公账户：为确保税收及社保的合理处理，公司应优先选择通过对公账户发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。
- 完善管理制度：用人单位应建立完善的工资支付管理制度，包括工资支付方式、支付时间、支付账户等，以确保工资支付的合法性和安全性。
综上所述，公司通过微信发工资在符合一定条件下是合法的，但需谨慎操作以规避潜在风险。为确保合法合规并保障双方权益，建议用人单位优先考虑使用银行转账等更为正式、安全的支付方式。如果确实需要使用微信支付等其他方式支付工资，也应建立完善的管理制度和流程来确保资金安全、证据留存、税务合规以及高效管理等方面的要求得到满足。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。