工程司法鉴定费一般由提出鉴定申请的一方当事人预先垫付，最终由法院根据案件具体情况来判定由哪一方承担。以下从不同角度为你详细分析：

常规情况：谁申请谁先垫付

在工程纠纷案件中，当一方当事人对工程的质量、造价、工期等关键问题存在争议，且这些争议无法通过协商、调解等方式解决时，通常会向法院申请司法鉴定。按照一般的诉讼程序和惯例，提出鉴定申请的一方需要先向鉴定机构缴纳鉴定费用，也就是预先垫付。例如，在建设工程合同纠纷中，如果发包方认为承包方完成的工程质量不符合合同约定，发包方申请对工程质量进行司法鉴定，那么发包方就需要先支付鉴定费用。

最终承担：法院根据案件情况判定

法院在审理案件过程中，会综合考虑各种因素来判定鉴定费用最终由哪一方承担。这些因素主要包括：

1. 鉴定结果对案件的影响：如果鉴定结果表明申请鉴定的一方主张成立，即鉴定结果支持了该方的诉求，那么鉴定费用通常会由另一方承担。比如，承包方认为发包方拖欠工程款，申请对工程造价进行鉴定，鉴定结果显示发包方确实拖欠了工程款，那么鉴定费用就可能由发包方承担。
2. 双方当事人的过错程度：如果双方当事人对争议的发生都存在过错，法院可能会根据双方的过错程度来分担鉴定费用。例如，在工程质量纠纷中，发包方提供的施工图纸存在错误，承包方在施工过程中也没有严格按照规范操作，导致工程质量出现问题，双方申请对工程质量进行鉴定，那么法院可能会根据双方的过错程度，判定双方各自承担一定比例的鉴定费用。
3. 案件的具体情况：法院还会根据案件的具体情况，如争议的复杂程度、双方当事人的经济状况等，来灵活判定鉴定费用的承担。如果案件争议较为复杂，鉴定费用较高，而一方当事人的经济状况较差，法院可能会酌情调整鉴定费用的承担方式。

特殊情况：法院直接指定承担方

在某些特殊情况下，法院可能会在受理案件时，直接指定鉴定费用由哪一方承担。这种情况通常出现在案件事实比较清楚，且一方当事人明显存在过错的情况下。例如，发包方故意拖欠工程款，导致承包方提起诉讼，在诉讼过程中承包方申请对工程造价进行鉴定，法院在受理案件时，可能会直接判定鉴定费用由发包方承担。

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