工程联营合作协议书在依法成立且满足特定条件的情况下是合法的。以下是对这一结论的详细分析：
合法性的核心要素
主体适格：
- 双方必须具备相应的民事行为能力，且合作各方均应持有符合工程要求的建筑施工企业资质证书，并在核准的资质等级许可范围内进行工程承揽。例如，如果联营合作涉及建筑工程，那么参与联营的各方都应具备相应的建筑施工资质，这是确保工程质量和安全的基础。
意思表示真实：
- 协议内容必须是双方自愿、真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫、重大误解等不正当手段。联营合作协议应基于双方平等、自愿的原则，经过充分协商后达成一致，确保协议内容的真实性和合法性。
内容合法合规：
- 协议条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。具体来说，协议应明确工程范围、质量、期限、价款支付等关键条款，并确保这些条款符合相关法律法规的要求。例如，协议中约定的工程价款应合理，不得明显低于成本价，以免影响工程质量。
形式符合要求：
- 工程联营合作协议通常应采用书面形式，并明确双方的权利和义务。此外，根据法律法规或行业惯例，可能还需要满足特定的签字盖章等形式要件。书面形式有助于明确双方的权利和义务，减少后续争议的可能性。
不违反法定程序：
- 对于依法必须招标的工程项目，联营合作必须经过合法的招标程序。如果未按照法定程序进行，那么在此基础上签订的工程联营合作协议书将无效。
违法情形的具体表现
主体不具备资质：
- 如果联营合作方中存在未取得相应资质或超越资质等级承揽工程的情况，那么该协议将被认定为无效。例如，某合作方只具备三级建筑资质，却承接了需要二级资质才能承接的工程项目，此时签订的协议将因主体资质不符合法律规定而无效。
违法分包、转包：
- 在联营合作过程中，如果存在违法分包（如将主体结构分包）或整体转包给他人的情况，那么签订的协议同样无效。这种行为不仅违反了法律法规的规定，也损害了工程质量和安全。
其他违法行为：
- 如存在恶意串通、损害他人利益等行为，也可能导致协议被认定为无效。这些行为严重破坏了市场秩序和公平竞争原则，必须受到法律的制裁。
实际操作中的注意事项
资质审查：
- 在签订工程联营合作协议书前，双方应严格进行资质审查，确保对方具备合法的主体资格和相应的资质条件。这是预防后续纠纷的重要措施。
明确合同条款：
- 合同价款、工程质量、工期、付款方式等关键条款应明确约定，避免后续产生争议。双方应在协议中详细列明各自的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式等。
遵循法定程序：
- 对于依法必须招标的工程项目，必须遵循法定的招标程序。这是确保协议合法性和有效性的重要前提。
及时咨询法律意见：
- 在签订和履行工程联营合作协议书过程中，如果遇到任何法律问题或疑虑，应及时向我咨询。作为专业律师，我将为你提供全面的法律支持和建议。
综上所述，工程联营合作协议书在依法成立且满足特定条件的情况下是合法的。双方当事人在签订协议时应谨慎审查合同条款和对方资质条件，并确保遵循法定程序。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。