当犯罪嫌疑人患有重大疾病时，司法机关会采取一系列谨慎且人性化的措施来确保其合法权益得到保障，同时维护刑事诉讼程序的顺利进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、强制措施的选择与执行
取保候审：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，若犯罪嫌疑人患有严重疾病且生活不能自理，同时采取取保候审不致发生社会危险性，那么公安机关、人民检察院和人民法院可以决定对其适用取保候审措施。这通常要求犯罪嫌疑人提出保证人或交纳保证金，以确保其不会逃避法律制裁。
监视居住：
- 如果犯罪嫌疑人符合取保候审条件，但无法提供保证人或交纳保证金，那么可以执行监视居住。监视居住应在犯罪嫌疑人的住处执行，若无固定住处，则可在指定居所执行，但需避免在羁押场所或专门办案场所执行，以确保其基本生活需求和医疗照顾。
医学评估与鉴定：
- 在对犯罪嫌疑人所患疾病的真实性或严重程度存疑时，司法机关会委托有资质的医学机构进行医学鉴定。这一步骤旨在准确判断病情及其对诉讼活动的影响，从而决定后续的处理方式。
二、审查起诉与审判阶段的特殊处理
继续适用或变更强制措施：
- 在审查起诉阶段，人民检察院会根据案件情况和犯罪嫌疑人的身体状况，继续维持或重新决定取保候审、监视居住等措施。
- 在审判阶段，法院会根据案情和犯罪嫌疑人的健康状况，决定是否继续羁押，或变更为更宽松的强制措施，如取保候审或监视居住。
庭审安排与关照：
- 如果犯罪嫌疑人因严重疾病无法到庭，法院会根据病情紧急程度、审理进展等因素，决定延期审理或在特殊场所（如病房）开庭审理。这一措施旨在保障犯罪嫌疑人的诉讼权利，同时推进公正审判。
刑罚执行与保外就医：
- 如果犯罪嫌疑人被判处刑罚，且患有严重疾病需要保外就医，根据《刑事诉讼法》的相关规定，可以暂予监外执行。但需注意，有社会危险性或自伤自残的罪犯不得保外就医，且必须由省级人民政府指定的医院诊断并开具证明文件。
三、突发疾病的紧急处理
- 如果犯罪嫌疑人在刑事诉讼过程中突发疾病，办案机关应立即联系医疗机构或急救部门，迅速将其送往附近具备相应医疗条件的医院进行救治。
- 同时，办案机关应及时通知犯罪嫌疑人的家属，告知其病情及所在医疗机构等相关信息，以便家属及时赶到医院了解病情并参与后续治疗事宜。
四、法律原则与公正性
- 尽管犯罪嫌疑人患有严重疾病，但这并不构成逃避法律制裁的理由。司法机关在处理此类案件时，会充分考虑其病情和实际情况，同时确保在法律框架内依法、公正地对其进行处理。
综上所述，对于患有重大疾病的犯罪嫌疑人，司法机关会采取一系列措施来确保其得到必要的医疗照顾，同时依法、公正地进行刑事诉讼活动。这些措施旨在实现法律效果与社会效果的统一，既保障了犯罪嫌疑人的合法权益，又维护了社会的公共安全和司法公正。