如果持有调查令但单位不配合，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
明确调查令的法律效力：
- 调查令是法院出具的一种法律文书，具有强制执行力。它要求被调查单位或个人必须配合提供相关证据或信息。因此，单位不配合调查令的行为，实际上是对法院权威的挑战，也是违法的。
与单位再次沟通并明确告知法律后果：
- 在采取进一步法律行动之前，你可以尝试与单位进行再次沟通，明确告知其不配合调查令的法律后果。这包括可能面临的罚款、拘留等处罚措施，以及因不配合而可能承担的诉讼风险。
向法院申请强制执行：
- 如果单位仍然拒绝配合，你可以向出具调查令的法院申请强制执行。法院有权对不配合调查令的单位或个人采取强制措施，如罚款、拘留等，以确保调查令的顺利执行。
考虑提起诉讼或申请仲裁：
- 如果单位的不配合行为给你造成了实际损失，如因无法获取关键证据而导致诉讼或仲裁败诉，你可以考虑向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求单位承担相应的赔偿责任。
寻求法律援助或咨询专业律师：
- 在处理此类问题时，如果你感到困惑或无助，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以为你提供专业的法律意见和帮助，指导你如何有效地维护自己的合法权益。
在采取上述措施时，你需要注意以下几点：
- 保留证据：确保你保留了所有与调查令相关的证据，包括调查令本身、与单位的沟通记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
- 及时行动：一旦发现单位不配合调查令，应尽快采取行动，以免错过最佳时机。
- 遵守法律程序：在处理此类问题时，务必遵守法律程序，不要采取非法手段来获取证据或信息。
如果单位的不配合行为构成犯罪，如妨害公务罪等，你还可以向公安机关报案，要求追究单位的刑事责任。不过，这种情况相对较少见，且需要满足一定的构成要件。
总之，持有调查令但单位不配合时，你应明确调查令的法律效力，与单位再次沟通并明确告知法律后果，向法院申请强制执行，考虑提起诉讼或申请仲裁，并在必要时寻求法律援助或咨询专业律师。希望这些建议能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。