协议只有单方持有，并不直接决定其法律效力，协议是否有效需根据具体情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议有效的基本条件

1. 当事人具备相应民事行为能力：签订协议的双方或多方当事人都应具有独立实施民事法律行为的资格。完全民事行为能力人签订的协议，在其他条件满足的情况下，通常具有法律效力。若一方或双方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，且签订的协议与其能力不相适应，则可能无效或需法定代理人追认。

2. 意思表示真实：双方当事人签订协议时的意愿必须是真实的，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若协议签订过程中存在这些情形，受影响的一方有权请求撤销协议。

3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容必须合法，不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背社会公共秩序和善良风俗。

二、单方持有协议的具体情形分析

1. 协议已成立且生效，但仅单方持有：

   • 若协议已经双方签字（或盖章、按指印）确认，且满足上述有效条件，即使只有一方持有协议原件，该协议仍然是有效的。因为协议的效力并不取决于持有份数，而是取决于协议的内容和双方的行为。
   • 实例说明：甲乙双方签订了一份买卖合同，双方均签字确认，但合同原件仅由甲方持有。此时，只要合同内容合法，双方意思表示真实，且不存在其他无效情形，该合同对甲乙双方均具有法律效力。

2. 协议未成立或未生效，单方持有：

   • 若协议尚未成立（如双方尚未签字确认）或未生效（如存在附条件或附期限的情形，且条件未成就或期限未届至），即使一方持有协议文本，该协议也不具有法律效力。
   • 特殊情况：根据《民法典》的相关规定，在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。因此，若一方虽未持有协议原件，但已实际履行了协议的主要义务，且对方接受，此时协议仍可能成立并生效。

3. 单方持有协议可能引发的举证问题：

   • 实践中，仅一方持有协议可能会在发生纠纷时给举证带来困难。因为对方可能否认曾见过或同意过该协议的内容，此时持有协议的一方需要提供其他证据来证明协议的存在和有效性。
   • 建议：为避免不必要的麻烦，建议签订协议后各方都保留一份原件。若确实无法保留原件，也应通过其他方式（如邮件、短信等）确认对方的接受意愿，并保留相关证据。

三、影响单方持有协议有效性的其他因素

1. 证据效力：单方持有的协议在作为证据时，其效力可能受到限制。因为对方可能否认曾见过或同意过该协议的内容，此时持有协议的一方需要提供其他证据来佐证。

2. 诚信原则：根据《民法典》的规定，民事主体从事民事活动应当遵循诚信原则。若一方当事人在签订合同时故意隐瞒或歪曲重要事实，或者利用对方的误解或不知情来签订合同，这种行为可能被视为不诚信的行为，从而影响合同的有效性。

3. 行业惯例与交易习惯：在某些行业中可能存在特定的交易习惯或惯例。例如，在某些商业交易中，双方可能习惯于通过电子邮件或即时通讯工具交换合同草案并进行协商。在这种情况下，即使最终只有一方保留了合同文本，但如果这种做法在该行业内是普遍接受的，并且双方对此都有明确的认知和理解，那么该合同仍然可能被视为有效。

总结：协议只有单方持有并不直接决定其法律效力。在判断协议效力时，需要综合考虑协议的内容、双方的行为以及相关法律法规等因素。若您对具体协议的效力存在疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律意见。