协议只有一份，在符合法律规定的条件下，是合法且有效的。不过，为了确保交易安全及便于后续纠纷处理，建议协议双方各执一份。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议有效的核心要素
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一个有效的协议（或合同）需满足以下条件：
- 行为人具有相应的民事行为能力：即协议主体必须能够正确理解自己行为的性质和后果，并独立实施该行为。这是确保协议有效性的基础。
- 意思表示真实：协议双方必须在自愿、无欺诈、无胁迫、无重大误解等情形下订立条款，保证内心意愿与外在表示一致。这是协议成立的关键要素。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议条款不能违反法律的禁止性规定，也不能损害社会公共利益和道德风尚。这是协议合法性的重要保障。
二、协议份数与效力的关系
- 协议份数不影响效力：无论协议是一份还是多份，只要满足上述生效条件，其法律效力均不受影响。法律并未规定协议必须一式多份，因此，单份协议在法律上是合法的。
- 单份协议的风险：尽管单份协议在法律上是有效的，但在实际操作中可能会带来一些不便和风险。例如，履行监督与纠纷处理不便，双方在履行过程中难以随时对照查看各自的权利义务；证据保存风险，唯一的一份协议如果丢失、损坏或篡改，将难以证明双方的约定内容。
三、建议与实践
- 建议协议双方各执一份：为了规避上述风险，建议协议双方在签订合同时尽量确保各方都持有一份协议副本。这样不仅可以方便双方随时查阅和对照协议条款，还可以在发生纠纷时提供有力的证据支持。
- 特殊情况的处理：在某些特定情况下，如拆迁协议等，根据相关法规或实践操作要求，可能需要一式两份或多份以确保双方各持一份。但这并不改变协议本身法律效力的判断标准，而是基于行政管理和实践操作的考虑。
四、法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第一百四十三条：具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 《中华人民共和国民法典》第四百六十九条：当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。
综上所述，协议只有一份在符合法律规定的条件下是合法的，但为了确保交易安全和便于后续纠纷处理，建议协议双方各执一份副本。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。