结论：在工厂上班自离扣工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合法扣减工资的情形：

   • 依据劳动合同或规章制度：如果工厂与员工签订的劳动合同中明确约定了自离（即擅自离职）的扣款条款，或者工厂的规章制度中对此有明确规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么工厂在员工自离时按照约定或规定扣减工资，可能是合法的。但需要注意的是，规章制度必须经过民主程序制定，并向员工公示或告知，否则可能因程序违法而无效。
   • 赔偿经济损失：如果员工自离给工厂造成了经济损失，工厂有权要求员工赔偿。在这种情况下，工厂可以从员工的工资中扣除相应的赔偿金额，但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 非法扣减工资的情形：

   • 无合法依据扣减：如果工厂没有与员工签订劳动合同，或者劳动合同中没有约定自离的扣款条款，或者工厂的规章制度中没有相关规定，或者相关规定违反了法律法规的强制性规定，那么工厂在员工自离时扣减工资就是非法的。
   • 扣减金额超过法定限制：即使员工自离给工厂造成了经济损失，工厂也不能随意扣减员工的工资。如果扣减的金额超过了员工当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减就是非法的。

法律建议：

• 员工角度：如果员工认为工厂扣减工资的行为非法，可以先与工厂协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。
• 工厂角度：工厂在制定规章制度时，应确保规章制度的内容合法、程序正当，并向员工公示或告知。在员工自离时，工厂应依法处理，避免非法扣减工资，以免引发劳动争议和法律风险。

可能后果：

• 如果工厂非法扣减工资，员工有权要求工厂补发工资，并可能要求工厂支付经济补偿金或赔偿金。
• 如果员工因自离给工厂造成经济损失，且工厂能够证明这一点，那么员工可能需要承担相应的赔偿责任。但工厂在扣减工资时，必须遵守法律法规的规定，不得随意扣减。

总之，在工厂上班自离扣工资是否合法，需根据具体情况判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。