科长罚款员工是否违法，取决于具体情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 企业规章制度与罚款权：

   • 在某些企业中，为了维护管理秩序和员工纪律，可能会制定相关的规章制度，并明确规定在某些情况下可以对员工进行罚款。
   • 这些规章制度必须经过合法程序制定，且内容不得违反法律法规的强制性规定。
   • 如果科长依据企业合法有效的规章制度对员工进行罚款，且罚款行为符合规章制度的规定，那么这种罚款行为通常不被视为违法。

2. 无规章制度或规章制度违法：

   • 如果企业没有制定相关的规章制度，或者规章制度中并未规定科长有罚款权，那么科长对员工进行罚款就缺乏法律依据。
   • 此外，即使企业有规章制度，但如果该规章制度本身存在违法情形，如罚款金额过高、罚款事由不合理等，那么依据该规章制度进行的罚款行为也可能被视为违法。

3. 罚款行为的合法性审查：

   • 在判断科长罚款员工是否违法时，需要综合考虑罚款行为的依据、目的、金额、程序等多方面因素。
   • 如果罚款行为缺乏合法依据、目的不当、金额过高或程序违法，那么该罚款行为就有可能被认定为违法。

4. 法律后果与建议：

   • 如果科长对员工进行了违法的罚款行为，员工有权向相关部门投诉或举报，并要求返还被罚款项。
   • 企业在制定规章制度时，应确保其内容合法、合理，并明确规定罚款的权限、事由、金额和程序等。
   • 科长在行使罚款权时，应严格遵守企业规章制度和法律法规的规定，确保罚款行为的合法性。

综上所述，科长罚款员工是否违法取决于具体情况。如果科长依据合法有效的规章制度进行罚款，且罚款行为符合规章制度的规定，那么通常不被视为违法。但如果缺乏合法依据或规章制度本身存在违法情形，那么罚款行为就有可能被认定为违法。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。