针对您提出的“无施工许可证已竣工如何处理”的问题，这是一个涉及法律法规和工程合规性的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律后果与责任认定

首先，需要明确的是，根据《建筑工程施工许可管理办法》等相关法律法规，未取得施工许可证擅自施工是违法行为，将面临一系列法律后果和责任认定。

1. 行政责任：主管部门有权责令停止施工、限期改正，并处以工程合同价款1%-2%的罚款。若工程已竣工且无法采取改正措施（如拆除），可能面临更严厉的行政处罚，如罚款金额的增加或更严格的整改要求。

2. 民事责任：

   • 合同效力争议：未取得施工许可证的建设工程施工合同可能被认定为无效。但值得注意的是，如果工程竣工验收合格，承包人仍有权主张工程款。
   • 质量纠纷风险：因无证施工导致工程质量问题的，建设单位和施工单位需承担连带责任，可能面临赔偿损失等民事责任。

3. 刑事责任：在极端情况下，如造成重大安全事故或存在严重违法违规行为，相关责任人可能被追究刑事责任，如重大责任事故罪。

二、补救措施与建议

针对无施工许可证已竣工的情况，以下是一些补救措施和建议：

1. 立即报告与沟通：

   • 建设单位应第一时间与当地建筑管理部门或相关政府机构取得联系，主动报告无施工许可证施工的情况，并了解具体的法规要求和后续处理流程。

2. 尝试补办施工许可证（尽管可能性较低）：

   • 若项目符合规划、用地等条件，且已通过竣工验收、未违反强制性标准、无重大安全隐患，可尝试向主管部门申请补办施工许可证。但需注意，实践中补办难度较大，需提前评估可行性。

3. 整改与验收：

   • 质量与安全检测：委托专业机构对工程进行全面检测，确保符合国家标准和安全要求。
   • 完善资料：补充施工图纸、材料合格证、隐蔽工程记录等文件，以证明工程的合规性和质量。
   • 协调验收：联合设计、监理等单位出具合格证明，争取通过合法验收程序，使工程获得合法身份。

4. 协商解决方案：

   • 与主管部门沟通：说明历史原因（如政策变动、紧急抢险工程等），争取从轻处理或获得特殊政策支持。
   • 签订和解协议：在行政处罚阶段，主动配合调查并缴纳罚款，与主管部门签订和解协议，避免后续诉讼风险。

5. 法律救济途径：

   • 行政复议/诉讼：对处罚决定不服时，可在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。
   • 工程款追索：若合同被认定无效但工程合格，可通过司法途径主张工程款，确保经济利益不受损失。

三、注意事项

1. 证据保留：保存施工日志、付款凭证、验收报告等材料，以备维权使用。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。

2. 合规经营：未来项目务必严格履行报建手续，确保工程合规性。避免因小失大，给企业带来不必要的法律风险和经济损失。

3. 专业咨询：建议聘请律师或建筑法专家制定针对性方案。他们具有丰富的法律知识和实践经验，能够为您提供专业的法律意见和帮助。

综上所述，对于无施工许可证已竣工的情况，建设单位和施工单位需共同面对并积极解决这一问题。通过立即报告与沟通、尝试补办施工许可证、整改与验收、协商解决方案以及法律救济途径等措施，确保项目的合规性和后续使用的顺利进行。同时，也需注意证据保留、合规经营和专业咨询等方面的问题，以降低法律风险和经济损失。