高速服务区查车是合法的。以下是对这一问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，高速服务区作为高速公路的重要组成部分，是交通管理部门进行交通管理和执法的重要场所。为了维护交通秩序，保障道路交通安全，交通管理部门有权在高速服务区进行查车行动。

从法律层面来看，交通管理部门在高速服务区查车是依据相关法律法规进行的。例如，《中华人民共和国道路交通安全法》等法律法规明确规定了交通管理部门的职责和权力，包括在道路上进行交通管理和执法，对违法行为进行查处等。高速服务区作为道路的一部分，自然也在交通管理部门的执法范围之内。

在实际操作中，交通管理部门在高速服务区查车通常是为了查处各类交通违法行为，如超速、超载、非法营运、酒驾等。这些行为不仅危及道路交通安全，也损害了其他交通参与者的合法权益。通过查车行动，交通管理部门可以及时发现并纠正这些违法行为，从而维护交通秩序，保障道路交通安全。

以您提供的参考信息为例，广东公安交管部门在多地深入开展“除险4号”专项打击行动，其中就包括在高速服务区查获涉嫌非法改装和非法营运的车辆。这些行动都是依法进行的，旨在打击交通违法行为，维护道路交通安全。

此外，交通管理部门在高速服务区查车时，也会遵循一定的程序和规范。他们会出示执法证件，表明身份和执法目的；对车辆和驾驶员进行必要的检查和询问；对发现的违法行为进行依法处理等。这些程序和规范确保了查车行动的合法性和公正性。

综上所述，高速服务区查车是合法的，是交通管理部门为了维护交通秩序、保障道路交通安全而进行的必要执法行动。作为驾驶员和交通参与者，我们应该遵守交通法规，积极配合交通管理部门的执法工作，共同维护良好的交通环境。