关于公司罚款是否需要员工签字的问题，这主要取决于公司罚款的性质以及相关的法律法规和公司规章制度。
首先，我们需要明确的是，公司罚款并不等同于行政处罚。行政处罚是由国家行政机关依法对违反行政法规的个人或组织进行的处罚，如罚款、没收违法所得等，且行政处罚有严格的听证程序规定（如您提供的《劳动行政处罚听证程序规定》所示）。而公司罚款，通常指的是公司根据内部规章制度，对违反公司规定的员工进行的经济处罚。
对于公司罚款是否需要员工签字：
从法律层面：
- 公司罚款并非法律强制要求必须员工签字才生效。但公司应当确保罚款的合法性和合理性，即罚款应当基于公司合法有效的规章制度，且该规章制度已经向员工公示或告知。
- 如果公司罚款涉及员工切身利益（如较大数额的罚款），从公平、公正和透明的角度出发，公司最好能够取得员工的签字确认，以证明员工已经知晓并同意该罚款。但这并非法律强制要求。
从公司规章制度层面：
- 公司可以在其规章制度中明确规定罚款的程序和要求，包括是否需要员工签字。如果规章制度中明确规定了需要员工签字，那么公司应当遵循这一规定。
- 如果规章制度中没有明确规定，或者规定不明确，那么公司可以根据实际情况和公平原则来决定是否需要员工签字。
从实际操作层面：
- 即使公司没有强制要求员工签字，为了保障员工的权益和避免潜在的纠纷，公司在实施罚款前最好能够与员工进行沟通，并尽量取得员工的理解和同意。
- 如果员工拒绝签字，公司可以记录这一情况，并保留其他证据（如监控录像、证人证言等）来证明员工确实存在违反公司规定的行为，以及公司罚款的合法性和合理性。
举例说明：
以您提供的案例中的小李为例，如果公司因为小李的缺勤行为而扣减其工资（这可以视为一种经济处罚或罚款），公司并不需要小李签字确认该扣减行为才生效。但公司应当确保其扣减工资的行为是基于合法有效的规章制度，并且已经向小李公示或告知。如果小李对扣减工资有异议，他可以通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。
总结建议：
- 公司应当制定合法有效的规章制度，并明确规定罚款的程序和要求。
- 在实施罚款前，公司最好能够与员工进行沟通，并尽量取得员工的理解和同意。
- 如果员工拒绝签字或对罚款有异议，公司应当保留其他证据来证明罚款的合法性和合理性，并准备好应对可能的劳动仲裁或诉讼。