商业用地建厂房是否违法，需视具体情况而定，但通常情况下，未经合法程序批准，擅自改变商业用地用途建设厂房是违法的。以下是对此问题的详细分析：
一、土地用途管制制度
我国实行严格的土地用途管制制度，土地被明确划分为商业用地、工业用地、住宅用地等不同类型，每种类型都有特定的规划和规定。商业用地专用于商业经营、办公等活动，而工业用地则用于工业生产、仓储等工业相关活动。根据《中华人民共和国土地管理法》及《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关法律法规，土地使用者必须严格按照土地出让合同和土地使用证上规定的土地用途使用土地。因此，未经批准擅自改变商业用地用途建设厂房，构成对土地用途管制制度的违反。
二、违法后果
行政处罚：县级以上人民政府自然资源主管部门有权对擅自改变土地用途的行为进行查处，责令限期改正，恢复土地原状，并可能根据情节轻重处以罚款。罚款数额通常依据非法改变用途的土地面积、建设规模等因素确定。
合同违约：若土地是通过出让方式取得的，擅自改变土地用途还构成对土地出让合同的违约。土地出让方（如当地政府土地管理部门）有权要求土地使用者承担违约责任，包括支付违约金，甚至解除土地出让合同，收回土地使用权，并要求赔偿损失。
建筑物处理：在违法改变用途的土地上建设的建筑物、构筑物等可能被认定为违法建筑，面临被责令拆除的风险，且相关费用由违法建设者承担。
三、合法建设途径
若确实需要在商业用地上建设厂房，应严格按照以下法定程序办理：
提出申请：土地使用者需向当地自然资源主管部门提交改变土地用途的申请，详细说明变更理由、规划方案等。同时，需提供相关证明材料，如项目可行性研究报告、环境影响评价报告等。
规划调整：自然资源主管部门将对申请进行审核，并征求相关部门意见。若涉及城市总体规划、控制性详细规划等的调整，还需按规定程序进行。这一步骤是确保土地用途变更符合城市规划和土地利用总体规划的关键。
补缴土地出让金：经批准同意改变土地用途后，土地使用者需按新土地用途和市场评估价格补缴土地出让金差价。这是确保土地价值得到合理体现的重要环节。
办理相关证照变更：完成上述手续后，土地使用者还需办理土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等相关证照的变更手续，确保土地使用和建设活动的合法性。
四、建议与总结
在使用土地时，必须严格遵守相关法律法规和土地用途管制制度。未经批准擅自改变商业用地用途建设厂房是违法的，并可能面临严重的法律后果。如需在商业用地上建设厂房，应依法依规进行申请和审批，确保土地使用和建设活动的合法合规性。
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