楼上将厨房设置在楼下卧室的正上方，在多数情况下是不合法的，且可能带来一系列法律问题和潜在危害。以下从不同角度进行详细分析：
法律分析
违反《住宅室内装饰装修管理办法》
- 根据《住宅室内装饰装修管理办法》第五条的规定，住宅室内装饰装修活动禁止将没有防水要求的房间或者阳台改为卫生间、厨房间。卧室在设计时并未考虑厨房的用水和排污需求，因此不具备相应的防水和排污条件。若楼上住户擅自将厨房设置在楼下卧室的正上方，可能因防水处理不当导致漏水，进而损害楼下住户的财产，甚至影响房屋的结构安全，这种行为属于违法行为。
违反《民法典》相关规定
- 《民法典》第二百七十二条规定，业主对建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利，但行使这些权利时不得危及建筑物的安全，也不得损害其他业主的合法权益。楼上住户将厨房设置在楼下卧室正上方，可能因用水、排污等问题对楼下住户造成干扰，甚至损害其合法权益，如造成财产损失、影响居住环境等。
可能违反物业管理规定和房屋使用规定
- 除了国家法律法规外，小区或楼盘的物业管理规定以及房屋使用规定也可能对住宅的改造和使用有具体限制。楼上住户在进行此类改造前，应确保遵守这些规定，否则可能面临物业的处罚或其他法律责任。
潜在危害
建筑安全风险
- 厨房作为频繁用水的区域，需要严格的防水设计和施工标准。若楼上住户将厨房设置在楼下卧室正上方，且防水处理不当，可能出现漏水问题，不仅损害楼下住户的财产，还可能长期影响房屋的结构安全。
居住环境影响
- 厨房产生的噪音、油烟等污染物可能对楼下住户造成干扰。特别是油烟如果排放不当，可能通过楼道、窗户等进入楼下住户家中，严重影响空气质量和居住环境。
应对措施
- 沟通协商：楼下住户发现楼上存在此类违规行为时，首先应与楼上业主进行沟通协商，要求其停止违规行为并恢复原状，或采取有效措施防止漏水、噪音等问题的发生。
- 物业介入：若协商无果，可向物业反映情况，由物业进行劝阻和制止。物业作为管理方，有责任维护小区的整体安全和秩序，可以要求楼上业主进行整改。
- 法律途径：若物业处理无效，楼下住户可以向相关行政主管部门（如城管部门、房地产行政主管部门）投诉，或者通过法律途径向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。在诉讼过程中，楼下住户可以要求楼上业主承担因违规行为造成的损失赔偿责任。
综上所述，楼上将厨房设置在楼下卧室的正上方不仅可能违反法律法规和物业管理规定，还可能对房屋结构安全和其他住户的居住环境造成严重影响。因此，在进行此类改造或使用前，楼上住户应充分了解相关法律法规和物业规定，并谨慎考虑改造的合法性和合理性。若您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。