确认行政协议无效的诉讼时效问题，结论前置：请求确认行政协议无效通常不受诉讼时效的限制。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据与法理基础
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》，审理行政协议案件可参照民事法律规范关于民事合同的相关规定。而《中华人民共和国民法典》并未规定确认合同无效受诉讼时效的限制。
- 行政诉讼法及相关司法解释也未对请求确认行政协议无效设置诉讼时效。
法理基础：
- 无效行政协议因存在重大且明显违法等情形，自始不具有法律效力，不会因时间推移而变为有效。例如，行政机关签订协议时超越法定职权，该协议从签订起即无效。
- 诉讼时效制度的主要目的是督促权利人及时行使权利，稳定社会秩序，避免证据灭失。但无效行政协议的无效状态是确定的，不存在因时间推移使权利义务关系不稳定的情况。
- 行政协议无效涉及违法行为的纠正，关乎公共利益和法律秩序。若设置诉讼时效，可能使违法协议“合法化”，违背公平正义和合法性原则。
二、行政协议的特殊性及法律后果
特殊性：
- 行政协议不同于一般民事合同，它涉及公权力的行使和公共利益的实现。因此，在处理行政协议无效问题时，需要更加谨慎地考虑公共利益和法律秩序。
法律后果：
- 被确认无效的行政协议自始无法律效力，对当事人无约束力，不能作为执行或履行的依据。这意味着，无论经过多长时间，无效行政协议都不会产生法律效力。
三、诉讼时效的适用范围与例外
适用范围：
- 诉讼时效通常适用于确定性和稳定性的法律关系，如债权债务关系。在这些关系中，权利人需要在一定期限内行使权利，否则可能丧失通过诉讼维护权益的机会。
例外情况：
- 对于涉及公共利益、法律秩序及违法行为纠正的情况，如确认行政协议无效，诉讼时效的限制可能受到特别考虑。这是因为这些情况不仅关乎个体权益，更关乎法律体系的正确实施和公共利益的维护。
四、司法实践中的处理
在司法实践中，法院通常认可请求确认行政协议无效不受诉讼时效限制的观点。当提起确认无效之诉时，法院主要审查行政协议是否存在无效的法定情形，而不会以超过诉讼时效为由驳回起诉。例如，若行政协议因违反法律、行政法规的强制性规定而被确认无效，法院将依法作出判决，不受诉讼时效的限制。
五、建议与注意事项
虽然请求确认行政协议无效不受诉讼时效的限制，但当事人仍应及时行使权利。因为随着时间的推移，证据可能会灭失或变得难以收集，这可能会影响自身权益的维护和法院对案件事实的查明。因此，建议当事人在发现行政协议可能无效时，尽快咨询专业律师（即我本人，杨继泽律师，专注于经济犯罪、公司犯罪领域）并考虑提起诉讼。
综上所述，确认行政协议无效通常不受诉讼时效的限制。这一原则在法律依据、法理分析、行政协议的特殊性及法律后果、诉讼时效的适用范围与例外以及司法实践中均得到充分支持和体现。如果你有任何关于行政协议无效或其他经济犯罪、公司犯罪领域的法律问题，都可以直接向我咨询。