合同中约定加班费按照最低标准支付是不合法的。接下来，我将从法律法规、加班费的计算标准以及加班费的计算基数三个方面进行详细解析。

一、法律法规依据

根据《劳动法》及相关法律法规，特别是《工资支付暂行规定》，加班费的计算是有明确法定标准的，不能由用人单位与劳动者随意约定。这意味着，在劳动合同中直接约定按照最低工资标准支付加班费是违反法律规定的。

二、加班费的计算标准

1. 延长工作时间：

   • 若用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间，需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。

2. 休息日工作：

   • 若用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休，则需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。

3. 法定休假节日工作：

   • 若用人单位安排劳动者在法定休假节日工作，则需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

三、加班费的计算基数确定

1. 劳动合同有明确约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了工资数额，应当以该约定的工资作为加班费的计算基数。若工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应以各项工资的总和作为基数计发加班费。

2. 劳动合同没有明确约定：

   • 如果劳动合同没有明确约定工资数额或约定不明确，则应以实际工资作为加班费的计算基数。这包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等所有收入，但需注意这一基数不得低于当地最低工资标准。

四、最低工资标准与加班费的关系

最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。它是一个保障标准，用于确保劳动者的基本生活需要，而非计算加班费的基数。

五、结论与建议

综上所述，合同约定按最低工资标准支付加班费是违反法律规定的。劳动者若发现用人单位存在此类违法行为，有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。若用人单位拒绝支付或支付不足，劳动者可以通过法律途径来维护自己的合法权益，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等。

因此，建议劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查关于加班费的约定，确保其符合法律法规的规定。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，合理支付劳动者的加班费，以维护劳动者的合法权益和企业的良好形象。